Det indre af en ortodoks kirke er normalt opdelt i tre dele: narthex, hoveddelen og alteret. Alteret er templets helligste sted. Det er der, underet ved at anvende brød og vin på Jesu Kristi legeme og blod finder sted.
I den ortodokse kirke er alteret adskilt fra hovedrummet for tilbedere ved en mur med ikoner kaldet ikonostasen. Alteret i sig selv optager et mindre område end hoveddelen af templet, hvor de troende er ved tilbedelse. Da alteret er templets helligste sted, er indgangen til det kun tilladt for præster og mennesker, der har præsternes særlige velsignelse.
I midten af alteret er den hellige trone. Det er på det, at eukaristiens nadver udføres under den guddommelige liturgi. En præst står foran tronen under en tjeneste. På selve tronen er alterkors, evangeliet, antiminer såvel som gavebeskyttelsen og lampen. I gavevagten er der tørrede hellige gaver til nattelse af troende derhjemme.
I den nordlige del af alteret for den ortodokse kirke er der et alter. Det er på det, præsten begår en proskomid, forbereder brød og vin til eukaristiens nadver. På et bestemt tidspunkt i liturgien overføres uindviede brød og vin til tronen.
En integreret del af det ortodokse alter er en menorah, der ligger bag tronen tættere på den østlige del. En menorah er en struktur af syv lamper eller stearinlys. Hvis menorahen er lille, kan den placeres på selve tronen. Et lignende objekt var stadig i alteret i Det Gamle Testamente tabernakel.
Den østlige væg af alteret er dekoreret med ikonet af Kristus Frelser. Oftest skildrer det hellige billede Jesu Kristi opstandelse. Denne del af alteret kaldes det høje sted. Foran Frelserens ikon hænger en lampe oftest, og på det meget høje sted er et sæde til præstens mand.
I den sydlige del af alteret er stedet for censeren oftest arrangeret. Der kan også være en elektrisk komfur, på hvilken alteret kan tænde kul til brænderen.
Også i alteret kan der findes graver med Jesu Kristi klæde og den velsignede jomfru. Den specifikke placering af disse helligdomme er angivet af templets rektor.
Det skal bemærkes, at det indre af alteret er dekoreret med forskellige ikoner eller vægmalerier. Plotter af malerier og hellige billeder kan være forskellige. Nogle gange er dette begivenheder i Det Nye Testaments historie, i andre tilfælde - helliges, engles eller Guds Moder ansigter.
