Den tredje film, Mænd i sort, er en fortsættelse af den berømte amerikanske komedie. Roller er de samme Tommy Lee Jones og Will Smith. Regissørens arbejde blev igen overtaget af Barry Sonnenfeld, udøvende producent af Steven Spielberg. I biografer startede filmen den 23. maj 2012.
Denne gang indtages rollen som den negative helt af Jamain Clement, han spiller Boris. Dette er en forbryder, der slap fra Lunar Fængsel. Han brænder med had mod Agent Kay, der i juli 1969 fangede forbryderen og efterlod ham uden en hånd. Når Kay pludselig finder ud af, at Boris kørte, udtrykker han stor beklagelse over, at han ikke dræbte ham under arrestationen. Derefter forsvinder agenten simpelthen, og at kun Jane husker, at han eksisterede. Resten af personalet i sort tror, at Kay døde i et sammenstød med en eller anden kriminel i 1969.
Den eneste forklaring på denne omvæltning af virkeligheden er en ændring i fortiden. Jay og Agent O beslutter, at det var Boris, der var involveret. Bekræftelse af dette er en anden begivenhed af kosmisk skala - invasionen af Boris-løbet på Jorden. I den tidligere virkelighed var dette umuligt, da Kay installerede en beskyttelsesanordning på planeten kaldet "ArcNet". I forbindelse med agentens død for et par årtier siden havde jorden ikke nogen screening fra rumfiender.
Jay opdager, at Boris blev sendt til fortiden af Jeffrey Price, en elektronikforhandler, der havde en ulovlig tidsskifter i sit arsenal. Agenten har intet andet valg end at gå tilbage i tiden for at redde sin partner. Og han bliver straks arresteret af den unge Kay. Under forhør fortæller Jay ham alt, og den fremtidige partner tror. Sammen finder de den Arcanian Griffin, der har ArkNet. Nu fortsætter de tre af deres rejse og begyndte at etablere beskyttelse på månen. Men på en raket bliver de arresteret af oberst. Nu bliver han keeper for Jay's mysterium.
Fra dette øjeblik finder en hurtig udvikling af begivenheder sted. Helte mødes med to Boris, og en kamp forekommer. En kriminel fra fremtiden kastes i en raketgruve, og unge Boris går også efter ham. Jordbeskyttelse installeret. Og nu ser det ud til, at Jay's mission var afsluttet, men en mirakuløs, overlevende ung kriminel vises. Oberst dør, men Boris formår at blive ødelagt. Og i filmen vises en ny karakter. En dreng stiger ud af oberstens bil og begynder at lede efter sin far. Agenten genkender sig selv. Jay vender tilbage i rette tid og møder Kay på café. Alt er kommet tilbage.
